中華民族歷史上由於瘟疫(如天花、霍亂、鼠疫)的反復流行(據不完全統計，僅明清兩代約500年間就有67次大流行)曾帶來了深重灾難。秦漢前後，人們對此雖有一定認識，可是預防經驗甚少。直至唐宋，孫思邈著作的《千金方》、王燾的《外台秘要》、劉完素的《素問玄機原病式》等書中，對瘟疫的研討才有了一定突破，防治經驗也才逐步豐富起來。真正對瘟疫有較深入系統的認識，有較豐富防治措施，則主要是在明清時期。明代吳又可目睹當時疫病流行死亡的慘狀，“靜心窮理”，發現瘟疫主要是由口鼻而入或相互接觸所致；其性毒烈，不同於六淫；結合發病特點應采取隔離、消毒等防疫措施；治療當以清瘟敗毒爲主。吳氏的見解，實爲後世認識和防治瘟疫病産生極大的推動作用。其後葉天士、薛雪、吳瑭、王士雄等名家輩出，創造溫病學派的曙光。
傳統中醫學對於預防瘟疫有其特點：1.注重防變；2.强調綜合預防；3.藥物預防；4.隔離預防；5.空間消毒。茲簡述如下：
1.注重防變
未病之前采取有效措施以預防疾病發生，中醫、西醫抑或其他醫學都是一致的。而一旦患病之後，及時采取有效措施以防止該病的發展、傳變或復發，則是中醫預防學有別於其他預防醫學的獨到之處。
2.强調綜合預防
中醫預防學把人從生理、病理、心理、社會諸方面采取綜合預防措施，以防止疾病發生或復發，其效果要比單一從某一方面進行預防要好。例如，爲了防止某些內科雜病的發生或復發，常常要求應保持精神情志的樂觀舒暢、注意飲食忌宜、加强體育鍛煉，乃至勞逸起居等等。如此著眼於從整體上進行預防，可以提高抗病能力，實屬優勢與特色。
3.藥物預防
《千金要方》中載有辟溫殺鬼丸、雄黃丸，這些藥物既可燃燒，又可佩戴，還可吞服，具有避免邪毒、防止“卒中惡病及時疫”之功;《景岳全書》則用“福建茶餅”進行口腔消毒，以防病從口入；李時珍提出常食大蒜可預防疫痢、霍亂等病。也有藥物外用以預防疫病之記載，如《外台秘要》中將“辟溫病粉身散”搽於全身皮膚上進行預防瘟疫病。
4.隔離預防
清代陳耕道在《疫痧草》中說：“家有疫痧人，吸收病人之毒而發病者，爲傳染，兄發痧而預使弟服藥，盍若弟發痧而使兄他居之爲妙乎?”强調了隔離的重要性。清･熊立品《治疫全書》亦告誡“溫疫盛行，遞相傳染之際，毋近病人床榻，毋食病家時菜，毋拾死人衣服”。
5.空氣消毒
《本草綱目》等書中多處記載，謂凡疫氣流傳，可於房內用蒼術、艾葉、白芷、丁香、硫磺等藥焚燒以進行空氣消毒辟穢。這種方法一直沿用至今。
明清之際的醫家不僅認識到瘟疫應當及時有效預防的重要性，即便是已確診患病之人，亦强調在發病過程中注意“先安未受邪之地，以阻止病邪深入發展與傳變。這些方法和措施在當今都是具有十分重要的意義，也是現在預防傳染病非常實用的有效方法。